Der zu den größten portugiesischen Weinproduzenten zählende Betrieb wurde von José Maria da Fonseca (1804-1884) gegründet. Sein Vater war durch Tabakhandel reich geworden und kaufte seinem Sohn bei Azeitãjo südlich von Lissabon im DOC-Bereich Setúbal ein Weingut. Dieser begann 1834 mit dem Bau einer großen Kellerei. Er führte neue Techniken ein, so setzte er die Rebstöcke weiter auseinander. Die Sorte Castelão Francês wurde auf einem Weinberg namens Periquita gepflanzt. Der Wein wurde so erfolgreich, sodass die Rebe bald in ganz Portugal danach benannt wurde und weite Verbreitung fand.
Für den damals schon erzeugten Moscatel de Setúbal wurde eine neue Mischung mit säurebetonten kreiert. Der süße Dessertwein wird heute großteils von Fonseca erzeugt. Eine weitere Pioniertat war, dass abgesehen vom Portwein als einer der ersten in Portugal die Weine in Flaschen abgefüllt. José Maria da Fonseca leitete das Weingut 50 Jahre und wurde 1857 von König Pedro V. (1837-1861) mit der höchsten Auszeichnung Portugals geehrt. Im Jahre 1944 wurde der in er Folge ungeheuer erfolgreiche Roséwein Lancers vom Nachkommen in fünfter Generation António Porto Soares Franco kreiert (schon 1937 den Vorgänger Faisca, der als erster portugiesischer Rosé gilt). Der erste Weißwein erschien 1945 auf dem Markt.
Heute gibt es zwei Fonseca-Unternehmen (beide mit Sitz in Azeitãjo), die jedoch völlig voneinander getrennt bzw. eigenständig sind. Das sind José Maria da Fonseca Successores und J. M. da Fonseca International (zum Portweinhaus Fonseca-Guimarãens in der Porto-Vorstadt Vila Nova de Gaia gibt es aber keine Verbindung). Zweiteres ist vor allem auf die Erzeugung des Lancers konzentriert, der zum Großteil in die Vereinigten Staaten exportiert wird. Außerdem wird eine Vielzahl von Weinen aus einheimischen und internationalen Sorten produziert. Das erstere Unternehmen wird in bereits siebter Generation von Nachfahren der Familie Fonseca geführt, derzeit wird es von den Gebrüdern Antonio (seit 1986 Präsident) und Domingos Soares Franco (seit 1980 Leiter der Produktion) geleitet. António ist Absolvent der University of California in Davis.
Der riesige Besitz umfasst heute über 1.000 Hektar. Es gibt es Besitzanteile an Weinbergen, Kellereien und Weingütern unter anderem in den Regionen bzw. DOC-Zonen Alentejo (Güter D’Avillez und José de Sousa), Dão und Palmela. Die breite Produktpalette umfasst Rot- und Weißweine aus vorwiegend einheimischen Sorten (Alvarinho, Arinto, Bastardo, Espadeiro, Loureiro, Monvedro, Periquita = Castelão Francês), die teilweise auch mit etwas Cabernet Sauvignon und Chardonnay verschnitten oder sortenrein erzeugt werden. Dies sind z. B. die Markenweine Garrafeira CO (Periquita mit etwas Tinta Amarela), J. P. Vinhos (vor dem Kauf João Pires), Quinta da Bacalhôa, Quinta de Camarate (Cabernet Sauvignon und Periquita), Primum (je 50% Touriga Nacional und Touriga Franca), Tinto Velho (aus autochthonen Sorten vom Weingut José de Sousa) und Terras Altas.
Eine Besonderheit sind alte Setúbal-Weine aus dem Zeitraum 1870 bis 1890, die nach der traditionellen Form hergestellt wurden. Sie sind monatelang auf langen Schiffsreisen unterwegs und großer Hitze bzw. Temperaturschwankungen ausgesetzt waren. Diese Spezialitäten werden „Vinhos de torna-viagem“ oder auch „Vinho da roda“ genannt. Im Jahre 2000 startete Fonseca ein interessantes Projekt, als Setúbal-Weine einer dreimonatigen Schiffsreise ausgesetzt wurden. Sie wurden also mit der alten traditionellen Methode der zweimaligen Äuatorüberquerung erzeugt. Siehe dazu ausführlich unter Torna Viagem.
